如果公司社保断交三个月，可以按照以下步骤处理：

一、了解断交原因

首先，需要了解社保断交的具体原因。是由于公司财务问题、人事疏忽，还是其他原因导致的断交。了解原因有助于确定后续的处理方向。
 

二、确定补缴责任

根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位应当按时足额缴纳社会保险费。如果社保断交是由于公司原因导致的，那么公司应承担补缴责任。

三、准备补缴材料

为了进行社保补缴，通常需要准备以下材料：

身份证明：如员工的身份证复印件或社保卡复印件。

社保缴纳记录：之前缴纳社保的记录或证明，如社保缴费凭证。

工资单或收入证明：作为计算社保缴纳基数的依据。

其他材料：根据当地社保局的要求，可能还需要提供其他相关材料，如劳动合同复印件等。

四、办理补缴手续

前往社保局：携带准备好的材料，前往当地社保局或相关机构办理社保补缴手续。

填写申请表：在社保局，需要填写社保补缴申请表，并加盖公司公章。

缴纳费用：按照社保局的要求，缴纳应补缴的社保费用及可能产生的滞纳金。

五、了解断交影响

社保断交三个月，可能会产生以下影响：

医疗保险：断交期间无法享受医保报销待遇。断交超过三个月的，连续缴费时间可能清零，需要重新计算等待期。等待期内，即使重新缴纳医疗保险，也无法享受医保报销。

养老保险：虽然断交对养老保险的累计缴费年限影响不大，但会减少个人账户的积累，进而影响退休后的养老金待遇。

其他保险：生育保险、工伤保险、失业保险等险种在断交期间无法享受相关待遇。

六、后续措施

加强社保管理：公司应加强社保管理，确保按时足额缴纳社会保险费，避免类似情况再次发生。

关注员工权益：公司应关注员工的社保权益，及时告知员工社保缴纳情况，确保员工的合法权益得到保障。

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七、注意事项

时间限制：社保补缴通常有一定的时间限制，应尽快办理补缴手续，避免超过规定的时间范围。

缴费基数：在补缴社保时，缴费基数可能会根据实际情况进行调整。请确保了解并同意调整后的缴费基数。

概括而言，如果公司社保断交三个月，应及时了解断交原因，确定补缴责任，准备补缴材料，前往社保局办理补缴手续，并关注断交可能产生的影响。同时，公司应加强社保管理，确保员工的合法权益得到保障。